Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на Деревню Скрытой Листвы, родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи Четвёртый Хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саске Учиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сенсея Какаши Хатаке. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать Хокаге. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — Третьего Хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Орочимару желает заполучить тело Саске Учихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саске является представителем клана Учиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саске добровольно уходит к Орочимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итачи. До начала событий манги Итачи уничтожил весь клан Учиха за исключением Саске, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Джирайей, бывшим товарищем Орочимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саске.
Главному герою уже 16 лет. После тренировок с Джирайей Наруто возвращается в Деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саске и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаши», а место Саске в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая девятихвостого, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саске Учиха, считая дальнейшее обучение у Орочимару бессмысленным, предаёт его и убивает. Отыскав своего старшего брата, чтобы отомстить за уничтожение клана, вступает с ним в бой, во время которого Итачи неожиданно падает замертво. После этого лидер Акацуки, Тоби, сообщает Саске правду о том, что убийство клана было поручено Итачи непосредственно руководством Деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саске присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Тоби члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. На совете Каге — лидеров крупнейших селений ниндзя — Тоби заявляет, что собирает хвостатых демонов ради воссоздания десятихвостого биджу и создания могущественной иллюзии, способной контролировать человечество. Когда руководители других селений отказываются помогать Тоби, он объявляет о начале Четвёртой мировой войны ниндзя. В ответ на это пять крупнейших стран создают альянс, во главе которого становится Райкаге, и объединённую армию шиноби, главнокомандующим которой становится Кадзэкаге Гаара. Начинаются бои между сторонами: на стороне Акацуки сражаются многочисленные клоны Зецу и призванные Кабуто Якуши умершие ниндзя, а на стороне альянса — шиноби пяти стран.
И вот, наконец-то 4-я мировая война шиноби заканчивается. Кто же победил? Победила - добрая сторона мира - 5 великих Стран Шиноби. Учиха Мадара убит во второй раз, Кабуто мёртв, а Тоби решил сдаться 5-ти нациям.
Дальше идёт спокойная, мирная жизнь. Бывший лидер *Акацуки* собрал новую команду - команду по поимке преступников, в данном случае нукенинов. Так же нашёлся ниндзя, который может воскрешать людей... По просьбе Наруто, этот ниндзя стал жителем Конохи и для благополучия Страны Огня воскресил Намикадзе Минато, отца главного героя, и его мать. Теперь счастью Наруто нет конца, его семья живёт благополучно, 4-й Хокаге возвратился к своему посту главы.
В других Деревнях жизнь продолжается не похлеще, чем у Конохи, в Кири, Деревне Скрытого Тумана, назначена новая Мизукаге. Достаточно сильная куноити с трагичной судьбой. В Иве, В Деревне Скрытого камня, Тсучикаге назначена внучка Ооноки - Куротсучи. В деревне Скрытой Молнии победе радуются больше всего - создать союз всё-таки была идея Райкаге, который так же остался на своём посту. А Суна... Страна Ветра продолжает жить как и раньше, поставка железа для оружия благополучно работает на благо 4-м остальным Странам.
В общем, жизнь продолжается!..
Календарь